Unit Penjaminan Mutu PNUP dibentuk pada tahun 2006 dengan SK Direktur Nomor 2093/N21R/OT/2006. Dalam struktur awal organisasi UPM, terdapat tim pengembangan mutu akademik dan tim auditor akademik internal. tahun 2008 diubah namanya menjadi Unit Penjaminan Mutu (UPM) dan berada di bawah Pusat Peningkatan dan Pengembangan Aktivitas Instruksional (P3AI). Pada tahun 2016, Unit Penjaminan Mutu (UPM) berubah menjadi Pusat Penjaminan Mutu (PPM) dan membawahi 3 unit yaitu Unit Akreditasi, Unit Peningkatan dan Pengembangan Aktivitas Instruksional (UP2AI) yang tadinya pusat berubah menjadi unit, dan Unit Evaluasi Mutu Internal. Dalam perkembangan selanjutnya PPM berubah menjadi Pusat Pengembangan dan Penjaminan Mutu Pendidikan (P3MP) melalui keputusan Direktur SK No. T/2/PL10/KP.10.04/2020.
Penjaminan mutu PendidikanTinggi merupakan kegiatan sistemik untuk meningkatkan mutu Pendidikan Tinggi secara berencana dan berkelanjutan, melalui proses penetapan, pelaksanaan, evaluasi, pengendalian dan peningkatan standar pendidikan tinggi, sehingga stakeholders internal dan eksternal perguruan tinggi yaitu mahasiswa, dosen, tenaga kependidikan, masyarakat, dunia usaha, asosiasi profesi, penyandang dana dan pemerintah memperoleh kepuasan atas kinerja dan keluaran perguruan tinggi. Tujuan penjaminan mutu perguruan tinggi adalah terjaminnya mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi baik pada masukan, proses, maupun keluaran berdasarkan peraturan perundang-undangan, nilai dasar, visi dan misi perguruan tinggi.
Kegiatan penjaminan mutu perguruan tinggi dilaksanakan dalam sebuah sistem yang disebut Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi (SPM-PT), yang terdiri atas: Evaluasi Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) yang dikembangkan oleh perguruan tinggi dalam hal ini oleh Unit Evaluasi Mutu Internal (EMI) PNUP; dan Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) yang dikordinasi melalui Unit Akreditasi yang di PNUP. Penjaminan mutu dilakukan melalui penetapan, pelaksanaan, evaluasi, pengendalian, dan peningkatan standar pendidikan tinggi, yang meliputi Standar Nasional Pendidikan Tinggi dan standar Pendidikan Tinggi PNUP.
Evaluasi sistem manajemen mutu (Quality Management System) PNUP yang dilakukan oleh lembaga audit internasional SAI Global memberikan pengakuan mutu ISO 9001:2015 melalui sertitikat No. QEC26866 dengan masa berlaku sertifikasi hingga 23 Juni 2024. Penilaian kinerja dan mutu institusi dan program studi juga dilakukan secara berkala oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) yang saat ini memberikan peringkat akreditasi B untuk PNUP, dengan 2 PS predikat A, 1 PS predikat Baik Sekali, 18 PS predikat B, 3 PS predikat Baik, dan 1 PS predikat C. Upaya peningkatan peringkat akreditasi dilakukan secara berkesinambungan dengan melakukan perencanaan program peningkatan kualitas untuk seluruh komponen Tri Dharma Perguruan Tinggi yang mengutamakan terpenuhinya Standar Nasional PT dan kepuasan pengguna (stakeholders) baik internal maupun eksternal.